nejde ani tak o to, kde to je, ale ako to funguje... Webstránka sa ti interpretuje zhora nadol. V skripte si sa odkazoval na vtedy ešte neexistujúci element, čiže to hádzalo chybu a ďalej to už nič nerobilo. Keď si to presunul dole, element už bol vytvorený, takže problém sa už nevyskytol a všetko sa vykonalo ako sa malo.
Javascriptu sa moc nevenujem, takže mi to dlhšie trvalo, kým som našiel chybu
Pokiaľ by si to chcel mať hore, potreboval by si v skripte ošetriť kód tak, aby sa skript spustil až v prípade, kedy je dokument.ready

Väčšinou sa ale odporúča všetok javascript (aj includujúce odkazy) presunúť komplet dole, malo by to o niečo zrýchliť načítavanie (vraj, nehral som sa s tým natoľko) a hlavne by si nemusel potom riešiť takéto veci, či je stránka už pripravená alebo nie.